int(0)

Teste de laborator

Pachete de analize medicale

Planșa anatomică

Teste de la A la Z A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z
Teste Laborator
Product categories
Pachete analize Plansa anatomica
< inapoi la lista

Cariotip molecular (Hibridizarea genomică comparativă)

Pret 10130.00 MDL

Массив молекулярных кариотипов CGH представляет собой молекулярно-цитогенетический анализ, который позволяет точно и быстро идентифицировать несбалансированные хромосомные аномалии, связанные с изменениями количества копий ДНК (микроделеции и микродупликации), которые невозможно обнаружить классическим хромосомным анализом.
Метод arrayCGH исследует весь геном с более высоким разрешением и может объяснить фенотип в 5-10 раз чаще, чем классический кариотип, что дает преимущество в применимости в ситуациях, когда культивирование клеток невозможно.
Рис.1 Этот пример иллюстрирует делецию на длинном плече хромосомы 14, идентифицированную методом arrayCGH в лаборатории Synevo Romania
Лаборатория Synevo Romania использует платформу микрочипов Agilent, которая позволяет исследовать весь геном со средним разрешением обнаружения 60Kb.
Что влечет за собой метод arrayCGH?
Метод массива CGH основан на сравнительной геномной гибридизации (CGH) двух типов геномной ДНК, образца ДНК пациента и образца контрольной ДНК, с использованием слайдов массива, содержащих десятки тысяч зондов, нацеленных на множественные гены и хромосомные области.
Рис.2 Инфографика aCGH
Рис.2 Принцип работы методологии arrayCGH
Метод arrayCGH позволяет идентифицировать CNV (варианты количества копий / вариации количества копий ДНК). Они подразделяются на 5 категорий: доброкачественные, вариации с неизвестным значением (VOUS), возможно, доброкачественные, VOUS с неопределенным значением, VOUS, возможно, патогенные и явно патогенные.
Эти субмикроскопические геномные перестройки широко распространены по всему геному и являются важным фактором для эволюции, фенотипической дифференциации, а также для восприимчивости к определенным заболеваниям.
Легенда:
Красный = потеря генетического материала
Синий = прирост генетического материала
Maro = сложная перестройка
Рис.3 Различные типы вариаций количества детей (CNV)
Сколько существует типов CGH-массивов?
Массив молекулярных кариотипов CGH используется как в исследованиях, так и в диагностике. Методологически он может недискриминировать весь геном, нацеливаться на ряд областей, имеющих особое клиническое значение, или сочетать оба метода.
В зависимости от того, что содержат ДНК-микрочипы, прикрепленные к слайду, существуют микрочипы с BAC (бактериальная искусственная хромосома), с олигонуклеотидами или конкретный метод с SNP (однонуклеотидный полиморфизм). Каждый метод имеет свои особенности и приложения.
Постнатальный массив молекулярного кариотипа CGH, выполненный в лаборатории Synevo Romania, включает 60000 зондов, представленных олигонуклеотидами, состоящими из 60 оснований.
Каковы показания для послеродового массива CGH молекулярный кариотип?
В постнатальном диагнозе массив молекулярных кариотипов CGH является тестом первого намерения для:
– Пациенты с множественными врожденными дефектами / дисморфическими признаками, не входящими в известный генетический синдром
– Новорожденные с множественными врожденными дефектами, у которых невозможно получить кариотип
– Задержка детей в психомоторном развитии
– Пациенты с ограниченными интеллектуальными возможностями
– Пациенты с расстройствами аутистического спектра
Другие приложения, такие как задержка роста, задержка в достижении
Клинический пример из тематических исследований Synevo Румыния
Общие фенотипические признаки пациента: необъяснимые нарушения умственного развития, мягкий черепно-лицевой дисморфизм, глубокие глаза, прямые брови, острый подбородок.
Тест, используемый для установления диагноза: молекулярный кариотип массива CGH.
Диагноз: 1p36 синдром микроделеции.
Каковы преимущества метода arrayCGH?
Увеличение клинической полезности. Уровень выявления патогенной CNV у детей с задержкой развития, умственной отсталостью и множественными врожденными дефектами составляет 18-20%, по сравнению с 3% по классическому кариотипу. Впоследствии, тестирование других членов семьи затронутых образцов позволяет идентифицировать статус носителя и унаследованный или de novo характер аномалии.
Среднее разрешение обнаружения около 60 КБ. Он предлагает взгляд на весь геном в высоком разрешении, в 10 раз выше, чем у классического кариотипа.
Тест CGH с одним массивом является одновременным эквивалентом тысяч экспериментов FISH / MLPA.
Обнаруживает субмикроскопические дупликации и делеции, несбалансированные хромосомные перестройки, различные степени мозаицизма.
Не требует клеточной культуры, как классический кариотип
Каковы ограничения метода arrayCGH?
Не идентифицирует сбалансированные хромосомные изменения (транслокации, инверсии, вставки), точечные мутации, мозаицизм низкого уровня. Эти изменения идентифицированы другими генетическими тестами в портфеле лаборатории Synevo Romania.
Он не предоставляет информацию о структурной природе выявленных аномалий.
Он может обнаруживать CNV неясного значения, которые требуют дальнейшего тестирования и анализа, или CNV неизвестного значения, генерируя непонятные результаты в контексте современных знаний.
Какова роль генетика?
Генетическая консультация и информированное согласие пациента необходимы для установления соответствующего протокола. Они включают в себя обсуждение конкретных вопросов о возможных изменениях неопределенной клинической значимости или повышенной предрасположенности к определенным заболеваниям, которые начинаются в зрелом возрасте.
Роль генетика важна, так как генетическое консультирование до и после тестирования помогает пациенту понять преимущества и недостатки метода, а также результат теста.
Фенотипические данные пациента важны для интерпретации результатов, а тесное сотрудничество с направляющим врачом способствует точности диагностики и улучшению ведения пациентов.
Собранный образец: 8 мл венозной крови.
Контейнер для сбора: вакуумный контейнер, содержащий ЭДТА в качестве антикоагулянта.
Причины отторжения образца: использование другого типа антикоагулянта; старые, коагулированные, гемолизированные или бактериально загрязненные образцы.
Стабильность образца: максимум 72 часа с момента сбора образца до его ввода в работу.
Метод: метод массива CGH основан на сравнительной геномной гибридизации (CGH) двух типов геномной ДНК, образца ДНК пациента и контрольного образца ДНК, с использованием слайдов массива, содержащих десятки тысяч зондов, нацеленных на множественные гены и хромосомные области.
Отчетность и интерпретация результатов
Результат массива молекулярных кариотипов CGH описывает, согласно ISCN (Международная система цитогенетической номенклатуры человека), выявленные несбалансированные числовые и структурные изменения (потеря или прирост генетического материала), критические точки, точные размеры изменений.
В процессе интерпретации используются международные базы данных, такие как OMIM (онлайн-менделевское наследование у человека), DECIPHER (база данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов ансамбля), DGV (база данных геномных вариантов), UCSC Genome Browser.
Окончательная клиническая интерпретация результата сделана генетиком, в зависимости от фенотипа пациента и содержания генов хромосомных областей, участвующих в изменениях.
Подтверждение теста может быть сделано, в зависимости от ситуации, классической цитогенетикой или молекулярными методами, такими как FISH или КПЦР / MLPA.
Время отклика: 12-20 дней
Список используемой литературы:
Принципы клинической цитогенетики, третье издание 2013, Стивен Л. Герсен, Мартин Б. Кигл
Анализ хромосом, Электронная библиотека 2004, Барбара Чепулковски.
Комплексный обзор по клинической цитогенетике, 2014, MD Anderson Cancer Center.
ACMG Genetics and Genomics Review Course, издание 2013 г.
Цитогенетические нарушения. Хромосомная, FISH и клиническая отчетность на основе микрочипов, издание 2014 г., Сьюзен Малер Цнеймер.
Синево Лаборатория Румынии. Конкретные ссылки на используемую технологию работы, 2015.

Ce este cariotipul molecular arrayCGH postnatal?

Cariotipul molecular arrayCGH este o analiză citogenetică moleculară care permite identificarea precisă și rapidă a unor anomalii cromozomiale neechilibrate asociate cu modificări ale numărului de copii ADN (microdeleții și microduplicații), care nu pot fi detectate prin analiza cromozomială clasică.

Metoda arrayCGH examinează întregul genom la o rezoluție superioară și poate explica un fenotip de 5-10 ori mai frecvent decât cariotipul clasic, având avantajul aplicabilității în situații în care cultura celulară nu este posibilă.

Fig.1

Fig.1 Acest exemplu ilustrează o deleție pe brațul lung al cromozomului 14 identificată prin metoda arrayCGH în laboratorul Synevo România

Laboratorul Synevo România utilizează platforma de microarray Agilent, care permite investigarea întregului genom la o rezoluție medie de detecție de 60Kb.

Ce presupune tehnica arrayCGH?

Tehnica arrayCGH se bazează pe hibridizarea genomică comparativă (CGH) a două tipuri de ADN genomic, proba de ADN a pacientului și proba de ADN de control, folosind lame array ce conțin zeci de mii de sonde care țintesc multiple gene și regiuni cromozomiale.

Fig.2 Infografic aCGH

Fig.2 Principiul metodologiei arrayCGH

Tehnica arrayCGH permite identificarea CNV (copy number variants / variații ale numărului de copii ADN). Acestea se clasifică în 5 categorii: benigne, variații cu semnificație necunoscută (VOUS) posibil benigne, VOUS cu semnificație incertă, VOUS posibil patogenice și clar patogenice.

Aceste rearanjamente genomice submicroscopice sunt larg răspândite în întregul genom și reprezintă un factor important pentru evoluție, diferențiere fenotipică, dar și pentru susceptibilitate către anumite afecțiuni.

Fig.3

Legendă:

Roșu = pierdere de material genetic

Albastru = câștig de material genetic

Maro = rearanjament complex

Fig.3 Diferite tipuri de variații ale numărului de copii (CNV)

 

 

Câte tipuri de arrayCGH există?

Cariotipul molecular arrayCGH este utilizat atât în cercetare, cât și în diagnostic. Metodologic, acesta poate interoga nediscriminativ întregul genom, poate ținti un anumit număr de regiuni cu semnificație clinică aparte sau poate combina ambele metode.

În funcție de ceea ce conțin microcipurile de ADN fixate pe lamă, există microarray cu BAC (Bacterial Artificial Chromosome), cu oligonucleotide sau metoda particulară cu SNP (Single Nucleotide Polymorphisms). Fiecare metodă are particularitățile și aplicațiile sale.

Cariotipul molecular arrayCGH postnatal, efectuat în cadrul laboratorului Synevo România, presupune 60.000 de sonde reprezentate de oligonucleotide constituite din 60 de baze.

Care sunt indicațiile cariotipului molecular arrayCGH postnatal?

În diagnosticul postnatal, cariotipul molecular arrayCGH este test de primă intenție pentru:

  • Pacienți cu malformații congenitale multiple / trăsături dismorfice neîncadrabile într-un sindrom genetic cunoscut
  • Nou-născuți cu malformații congenitale multiple la care nu poate fi obținut cariotipul
  • Copii cu întârziere în dezvoltarea psihomotorie
  • Pacienți cu dizabilitate intelectuală
  • Pacienți cu tulburări din spectru autist

Alte aplicații, cum ar fi retardul de creștere, întârzierea în achiziția limbajului sunt în curs de investigare.

Exemplu clinic din cazuistica Synevo România

 Trăsături fenotipice generale ale pacientului: dizabilitate intelectuală neexplicată, ușor dismorfism craniofacial, ochi situați mai adânc, sprâncene drepte, menton ascuțit.

Test utilizat pentru stabilirea diagnosticului: cariotip molecular arrayCGH.

Diagnostic: sindrom de microdeleție 1p36.

Fig.4

Care sunt avantajele metodei arrayCGH?

  • Utilitate clinică crescută. Rata detecției de CNV patogenice la copiii cu retard de dezvoltare, dizabilitate intelectuală și anomalii congenitale multiple este de 18-20%, față de 3% prin cariotipul clasic. Ulterior, testarea altor membri ai familiei probanzilor afectați permite identificarea stării de purtător și caracterul moștenit sau de novo al anomaliei.
  • Rezoluție medie de detecție de aproximativ 60kb. Oferă o perspectivă asupra întregului genom la o rezoluție înaltă, de 10 ori mai mare decât cea a cariotipului clasic.
  • Un singur test arrayCGH este echivalentul simultan a mii de experimente FISH / MLPA.
  • Detectează duplicații și deleții submicroscopice, rearanjamente cromozomiale neechilibrate, diferite grade de mozaicism.
  • Nu necesită cultură celulară, precum cariotipul clasic.

Tabel

Care sunt limitele metodei arrayCGH?

  • Nu identifică modificări cromozomiale echilibrate (translocații, inversii, inserții), mutații punctiforme, mozaicismul de nivel scăzut. Aceste modificări sunt identificate prin alte teste genetice din portofoliul laboratorului Synevo România.
  • Nu furnizează informații despre natura structurală a anomaliilor identificate.
  • Poate detecta CNV cu semnificație neclară, care necesită testare și analize ulterioare sau CNV cu semnificație necunoscută, generând rezultate neinterpretabile în contextul cunoștințelor actuale.
Care este rolul medicului genetician?

Consultul genetic și consimțământul informat al pacientului sunt necesare în demersul stabilirii protocolului adecvat. Acestea presupun discutarea unor aspecte particulare despre posibile modificări cu relevanță clinică incertă sau predispoziții crescute către anumite boli cu debut la vârstă adultă.

Rolul medicului genetician este important, întrucât sfatul genetic înainte și după testare ajută pacientul să înțeleagă beneficiile și limitele metodei, precum și rezultatul testului.

Datele fenotipice ale pacientului sunt esențiale pentru interpretarea rezultatelor, iar colaborarea strânsă cu medicul trimițător contribuie la acuratețea diagnosticului și la îmbunătățirea managementului pacientului.

Specimen recoltat: 6 mL sânge venos.

Recipient de recoltare: vacutainer ce conține EDTA ca anticoagulant.

Cauze de respingere a probei: folosirea unui alt tip de anticoagulant; probe vechi, coagulate, hemolizate sau contaminate bacterian.

Stabilitate probă: maxim 72 ore din momentul recoltării probei până la intrarea acesteia în lucru.

Metodă: tehnica arrayCGH se bazează pe hibridizarea genomică comparativă (CGH) a două tipuri de ADN genomic, proba de ADN a pacientului și proba de ADN de control, folosind lame array ce conțin zeci de mii de sonde care țintesc multiple gene și regiuni cromozomiale.

Raportarea și interpretarea rezultatelor

Rezultatul cariotipului molecular arrayCGH descrie, conform ISCN (International System of Human Cytogenetic Nomenclature), modificările numerice și structurale neechilibrate identificate (pierdere sau câștig de material genetic), punctele de ruptură, dimensiunile exacte ale modificărilor.

În procesul interpretării se folosesc baze de date internaționale precum OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), DECIPHER (Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources), DGV (Database of Genomic Variants), UCSC Genome Browser.

Fig.5

Interpretarea clinică finală a rezultatului se face de către medicul specialist genetician, în funcție de fenotipul pacientului și de conținutul în gene al regiunilor cromozomiale implicate în modificări.

Confirmarea testului se poate face, în funcție de situație, prin citogenetică clasică sau prin metode moleculare, precum FISH sau qPCR/MLPA.

Timp de răspuns: 12 – 20 zile

Descărcați formularul de consimțământ AICI.

Bibliografie:

  • The Principles of Clinical Cytogenetics, Third Edition 2013, Steven L Gersen, Martin B. Keagle
  • Analyzing Chromosomes, e-Library 2004, Barbara Czepulkowski.
  • A Comprehensive Review in Clinical Cytogenetics, 2014, MD Anderson Cancer Center.
  • ACMG Genetics and Genomics Review Course, 2013 edition.
  • Cytogenetic abnormalities. Chromosomal, FISH and Microarray-Based Clinical Reporting, 2014 edition, Susan Mahler Zneimer.
  • Laborator Synevo România. Referințele specifice tehnologiei de lucru utilizate, 2015.
< inapoi la lista

Pret 10130.00 MDL